债券结算代理业务是指吸收公众存款的金融机构法人受市场其他参与者的委托，为其办理债券过户等的资金结算的行为。如已与银行建立代理行关系的客户，由于中国人民银行规定客户不能直接连接国债簿记系统，不能直接进入银行间债券市场交易，所以在与银行完成代理回购或现券交易后，由于没有债券结算系统，可以通过向银行发送委托债券结算指令，由代理人帮助完成结算。同时，部分中小金融机构交易不是十分活跃的话，也可以通过选择银行的债券结算代理业务，节约连接国债系统等软硬件的成本投入。