康希诺腺病毒载体疫苗副作用即不良反应，主要是发热、肌肉酸痛、头痛、乏力、接种部位红肿疼痛、过敏反应等，大多数疫苗不良反应在1~3天左右会自行缓解，不需要特别处理。
腺病毒载体疫苗只需要接种一针，即可刺激人体免疫系统产生具有保护性的抗体，避免感染新冠病毒，它的不良反应和其他新冠疫苗类似，大多症状轻微。
其中最常见的疫苗不良反应是发热、肌肉酸痛、头痛、乏力等，这些症状大多轻微，一般不需要使用药物处理，通常在1~3天可自行缓解。如果症状难以忍受，可使用退热药物等对症处理，常用药物有布洛芬、对乙酰氨基酚、吲哚美辛等，并注意休息。
部分人群在接种腺病毒载体疫苗后，出现接种部位的红肿、疼痛、瘙痒，这与过敏、疫苗反应等因素有关。如果是局部疫苗反应，大多会在2~3天左右自行恢复；如果是局部过敏，可外用抗过敏药物处理，临床常用药物有氯雷他定、苯海拉明、西替利嗪等。
极少数人群在接种腺病毒载体疫苗后，会出现严重过敏反应，因此在接种完疫苗之后，需要在接种点留观至少30分钟，30分钟后没有任何身体不适才能离开。