基因突变的原因比较复杂，一般有X射线等物理因素、亚硝酸等化学因素，或者不明原因的生物因素等外部因素；还有内部因素，如基因中脱氧核苷酸的数量、顺序、种类改变导致的基因突变。

1、外部因素：物理因素：X射线、激光、紫外线、伽马射线等。化学因素：亚硝酸、黄曲霉素、碱基类似物等。或者还有某些不明原因、性质的生物因素，如某些病毒和细菌等。

2、内部因素：在DNA复制过程中，基因内部的脱氧核苷酸发生改变，出现缺失、增添、代换，导致顺序、数量、种类出现了异常，从而影响了遗传信息。

基因突变的原因很复杂，如果是发生在体细胞的基因突变，一般会在细胞竞争中被淘汰，不会影响下一代；但是发生在生殖细胞的基因突变，可能会通过受精直接遗传给下一代，导致后代畸形。