肛瘘手术多久需要根据手术方法以及肛瘘疾病的严重程度等因素来确定。如果是低位肛瘘，一般在10～20分钟左右即可完成。如果是复杂的肛瘘，可能需要40～60分钟完成。

1、10～20分钟左右：

如果患者肛瘘部位的瘘管比较直，属于症状比较轻微的低位肛瘘，可以在手术中迅速探查到瘘管以及内口。通过简单的肛瘘切开手术就可以成功引流，这种手术通常在10～20分钟内就可以完成。如果患者是存在内外口的单纯高位或者低位肛瘘，通过橡皮筋切开瘘管的方式来进行治疗，一般在20分钟左右也可以完成手术。

2、40～60分钟：

如果患者是比较复杂的肛瘘，由于有多根瘘管、多个外口甚至多个内口，手术过程中不仅需要将瘘管进行切开，还可能需要进行挂线疗法来配合治疗。这种手术耗费时间比较长，可能需要40～60分钟才可以完成。