治疗扁平疣并不存在最好的方法，扁平疣常用的治疗方法有药物治疗、手术治疗、物理治疗。具体治疗方法依据个人体质和病情状况而定，选择适合自己的治疗方法。

1、药物治疗：适用于皮损较多或不宜物理治疗者，但应根据不同情况选择药物及使用方法。常用药物有水杨酸软膏、0.05%~0.1%维A酸软膏、氟尿嘧啶软膏、干扰素、斑蝥素等。

2、手术治疗：扁平疣可以通过手术方式将自体疣植入皮下脂肪层，刺激机体释放细胞因子，产生抗病毒抗体，以清除表皮上的人乳头瘤病毒。

3、物理治疗：包括冷冻疗法、激光治疗等。

（1）冷冻疗法：医生通常应用液氮产生低温，使皮损坏死、脱落，该方法可能需要多次重复治疗以达到去除皮损。

（2）激光治疗：通常采用脉冲染料激光，通过高温使皮损坏死、脱落。

扁平疣患者应在医生的指导下选择适合自己的方法进行治疗，避免自行用药，以免延误病情。