运动的时候小腹痛，有可能是肌肉拉伤、慢性结肠炎、肠粘连、女性盆腔炎、泌尿系统结石等原因造成。需要针对病因进行物理治疗、药物治疗或者外科手术治疗。

1、肌肉拉伤：小腹部位的肌肉相对比较丰富，运动时会牵拉小腹部位的肌肉，如果运动强度过大或者运动时间过长，容易造成小腹部位的肌肉拉伤，出现运动的时候小腹痛。患者应该暂时停止运动，可采取热敷和按摩等方法进行处理，严重者配合服用布洛芬缓释胶囊等药物治疗，可缓解症状；

2、慢性结肠炎：是发生在结肠黏膜的一种慢性炎症性病变，运动时会造成结肠蠕动加快，刺激局部的感觉神经，造成小腹疼痛，出现运动的时候小腹痛。患者可服用柳氮磺吡啶肠溶片等药物进行治疗，严重者可配合服用硫酸阿托品片等药物松弛结肠平滑肌，从而缓解疼痛；

3、肠粘连：运动时会造成肠蠕动加快，同时会震荡腹腔内的肠管，轻拉肠粘连的粘连带，引起运动的时候小腹痛。一般情况下，通过休息和饮食调理即可缓解。如果肠粘连比较严重，可进行外科手术松解治疗；

4、女性盆腔炎：运动时会造成盆腔脏器震动，可使女性盆腔炎的症状加重，出现运动的时候小腹痛。一般情况下，可使用甲硝唑氯化钠注射液和盐酸左氧氟沙星注射液等药物进行治疗；

5、泌尿系统结石：如输尿管结石，可造成不同程度的梗阻。当运动的时候结石移动，可能会造成输尿管痉挛而出现疼痛，表现为运动的时候小腹痛，通常需要积极配合医生排石治疗，如口服排石颗粒，并且多喝水，促进结石排出。

因此，引起运动的时候小腹痛的原因比较多，建议到正规医院就诊，可进行腹部超声检查、CT检查或者核磁共振检查明确诊断，并且及时进行治疗。另外，出现小腹疼痛时需要暂时停止运动，避免症状加重。