巧克力囊肿手术后一般要休息2~4周，具体休息时间各有差别，要因人而异。

巧克力囊肿手术并不是一项大手术，虽然对身体的创伤不大，但是也需要一段时间才能恢复，每个人的身体情况不同，因此恢复时间也不相同，正常情况下是2~4周，但也跟个人身体情况有关。如果个人身体素质较好，有可能在短时间内得到恢复，使患者能及早的投入正常的工作和生活。如果个人身体素质不太好，或者恢复过程中存在感染情况，可能会导致恢复时间延长。

如果巧克力囊肿手术后有不适症状存在，要及时就医进行相关诊断治疗，避免出现并发症。此外，手术后不能着急进行性生活，避免细菌病毒或其他病原体入侵，影响身体恢复。