奥硝唑用于治疗各种厌氧菌感染，比如脑膜炎、腹膜炎、败血症、手术后伤口感染、产后脓毒症、脓毒性流产、子宫内膜炎等。

用于治疗毛滴虫引起的男女泌尿生殖道感染，用于治疗阿米巴原虫引起的肠肝阿米巴虫病，包括阿米巴痢疾、阿米巴肝脓肿等。用于治疗贾第鞭毛虫病，还可用于预防各种手术后厌氧菌的感染。

副作用包括轻度的头痛、嗜睡、恶心、呕吐等，个别患者可有震颤、强直、癫痫发作、运动失调等，部分患者有可能会出现味觉障碍、肝功异常、皮疹等等。一些中枢神经系统疾病，比如癫痫、多毛性硬化病是禁用的。

肝病、酗酒、脑损伤的患者要慎用，妊娠及哺乳期的女性也要慎用，此外还要注意一些配伍禁忌。