甲状腺过氧化物酶抗体升高，通常表明甲状腺组织处于免疫性炎症活跃状态，其中最常见于慢性淋巴细胞性甲状腺炎和毒性弥漫性甲状腺肿。有些自身免疫性疾病，比如类风湿以及系统性红斑狼疮，也可以出现甲状腺过氧化物酶抗体升高。

甲状腺过氧化物酶抗体是由于甲状腺细胞受损，胞浆内的甲状腺过氧化物酶进入到血液中，刺激机体而产生。甲状腺过氧化物酶是自身免疫性甲状腺炎的标志性抗体，它与甲状腺球蛋白抗体的临床意义相同，但是敏感性以及特异性要高于甲状腺球蛋白抗体，是诊断甲状腺自身免疫性疾病的首选指标。