​如果是由于感染引起的结肠炎，选择治疗病因的药物。如果是细菌感染可以选择左氧氟沙星或者诺氟沙星，也可以选择黄连素。

如果是真菌感染引起可以选择氟康唑，同时也可以加用益生菌的制剂，比如贝飞达、整肠生或者金双歧。

如果是非感染性的结肠炎，比如溃疡性结肠炎或者克罗恩病，可以选择柳氮磺胺吡啶或者美沙拉嗪进行抗炎治疗。可以选一些中成药的制剂比如康复新液。

如果炎症比较严重或者急性期，可以选择甲泼尼龙或泼尼松这一类激素制剂，治疗炎症和腹痛、腹泻的症状都有比较好的效果。