中医治疗肛瘘可以分为内治和外治。内治法主要有对肛瘘的证候分类可以分为，一，湿热下注型。二，正虚邪恋型和三，阴液精亏型，湿热下注型治法以清热解毒、利湿消肿为主，代表方剂为止痛如神汤。

二，正虚邪恋型治法当以清热解毒，补益气血为主，代表方剂为仙方活命饮和托里消毒散加减；

三，阴虚津亏型，治宜清热解毒，养阴生津，代表方剂为青蒿鳖甲汤加减。

中医治疗的外治方法有手术疗法，低位肛瘘的切除，高位肛瘘的切开挂线者，其他的中医外治法还可以有熏洗法，常用方剂有花子叶汤，解毒洗药，荆芥方等，外敷法可以用大黄膏、金黄膏、九华膏，生肌玉红膏等外敷，或者术后换药应用。

以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。