直肠脓肿的治疗可以通过保守药物，还有手术治疗。在脓肿的早期表现为炎性的包块，可以应用中药保留灌肠，起到清热、解毒、消肿止痛的作用。还可以口服一些中药，比如透脓散，起到清热解毒、透脓、脱毒的作用。还可以口服托里消毒散，起到益气补血、脱毒、敛疮的作用。

可以给予西药治疗，根据不同的致病菌株，选用敏感的抗生素进行抗感染治疗。可以选用黄安利、青霉素类、链霉素、四环素、庆大霉素、卡那霉素等治疗，并配合补充维生素C等增强抵抗力。

还可以积极的行手术治疗，尽早的切开引流，将直肠内脓肿充分的引流，不留死腔。