慢性肉芽肿疾病可以分为两种，一种是知识性的遗传性白细胞功能缺陷，多为隐性遗传，通常有家族史，多见于儿童父母，多为近亲结婚。

它的表现为反复发生全身各部位的化脓性感染，多有葡萄球菌、大肠肝菌、白色念珠菌、沙门菌属等，容易导致化脓性淋巴结鼻窦炎以及各种内脏系统的化脓性炎症，有时还会出现湿疹性皮炎。肝脾肿大主要并发症有各种脏器的化脓性感染，比如腹腔脓肿、肝脓肿、脑膜炎等。

还有一种慢性肉芽肿性疾病是特殊的慢性炎症与肉芽肿形成的特点，多见于结核、麻风、梅毒、血吸虫病等异物引起。