杯状细胞主要分布于消化道和呼吸道等器官内的上皮中，是一种典型的黏液分泌细胞。

呼吸道中有杯形细胞，分散在气管、支气管和大细支气管的圆柱形上皮。与此相似，在肠道中，也可见于小肠及大肠的单层圆柱上皮。杯状细胞也存在于结膜内，并散布于复层扁平上皮间。杯状细胞底部狭窄，顶部膨大，充满黏性颗粒的基质颗粒中含有端蛋白。杯状细胞在HE染色时黏原蛋白被溶解，所以呈现出空泡状，故有此名。黏蛋白分泌后，与水结合形成黏液，有润滑和饱和的作用。杯状细胞最常见于呼吸道的纤毛柱状上皮和消化道的肠黏膜，从十二指肠到肛门，杯状细胞数量逐渐增多，起到润滑作用。

正常的胃黏膜细胞上皮中不存在杯状细胞，如果出现杯状细胞，病理学上称此现象为胃的肠上皮化生。肠化会导致胃酸分泌减少，不完全肠化甚至是癌前病变。