GAPDH、Tubulin、Actin哪个做WB内参更好?
🌸常用内参种类?
β-actin,GAPDH,β-tubulin为三大常用内参。
β-actin,肌动蛋白,细胞骨架蛋白。在各组织和细胞中的表达相对恒定,它广泛分布于细胞质内,表达量非常丰富。
GAPDH,该酶是糖酵解反应中的一个酶,几乎在所有组织细胞中都高水平表达,在同种细胞或组织中的表达量一般是恒定的,且很少受外部诱导物的影响。
β-tubulin,微管蛋白,细胞骨架蛋白,表达通常不会发生改变。
🌸如何选择合适的内参呢?
🍬目的蛋白分子量
选择内参抗体时,应该考虑目的蛋白分子量的大小。通常应该保证目的蛋白与内参蛋白分子量相差5KD左右。
🍬目的蛋白表达部位
有些UU提取蛋白会选择胞浆、胞核分开提取,不提取总蛋白。β-actin在胞浆中表达高效稳定,而总蛋白主要成分就是胞浆蛋白,所以β-actin可以作为总蛋白的内参。理论上细胞核内不表达β-actin,所以不能用于核蛋白内参。
胞浆和全细胞蛋白:β-actin(43KD)、GAPDH(37KD)、Tubulin(55KD)等;
胞核蛋白:PCNA(29KD)、Histone H3(17KD)等;
核膜蛋白:Lamin B(66KD)等;
线粒体蛋白:COX IV(17KD)、VDAC1(30KD)等。
🍬组织特异性
没有一种内参适用于所有组织和细胞,需根据具体情况进行选择。如:
1 在脂肪组织里,β-Actin的表达量非常低,不适合作为内参。
2 不同组织的细胞结构会有差异性,如脑组织的 tubulin 的表达会高一些,而 actin 的表达量可能会低。再比如骨骼肌、心肌和平滑肌的特殊功能反而导致了 tubulin 的表达改变和特化,这种情况可以选择GAPDH。
3 缺氧和糖尿病等疾病存在下,会增加 GAPDH 在特定细胞和组织中的表达,不适合做内参。
4 在加入抗癌和真菌药物时,tubulin表达受影响,不适合做为内参。
5 血红细胞样本就不适合常用内参,可以选用其结构性蛋白作为内参代替。
6 做诱导后或检测磷酸化等修饰性抗体时,选择Actin和Tubulin,因为 GAPDH 是代谢类蛋白,表达量有可能会受到诱导处理的影响。