婴儿和儿童甲状腺功能低下所产生的症状和体征与成人不同。未治疗或未被确诊的婴儿甲状腺肿，可对中枢神经系统的发育造成严重的后果，产生中度到重度的发育延迟，在儿童期可危及体格的生长。

新生儿或先天性甲状腺功能低下发生率大约1/4000活产婴儿。最常见的原因是先天性甲状腺缺失（无甲状腺），需要终身治疗。症状和体征包括有发绀，持续高胆红素血症，喂养困难，哭声嘶哑，脐疝，呼吸困难，巨舌，囟门大以及骨骼发育迟缓。比较少见的，新生儿暂时的甲状腺功能低下。通过常规的新生儿滤纸筛查程序的检查，可以在通过临床症状确诊以前发现疾病。实验室检查包括测定血清甲状腺素（T4 ）及甲状腺刺激激素（TSH）。确诊后应立即用L-甲状腺素治疗并严密观察。适当的开始剂量是每天口服10~15μg/kg（这样能快速地达到正常的血清T4 浓度），随后在婴儿期调整药物剂量以维持血清T4 浓度在10~15μg/dl（129~193nmol/L）之间。1岁以后，常用剂量是每天4~6μg/kg，维持血清T4 和TSH滴定浓度在正常范围内。必须注意防止药物过量，以免产生医源性甲状腺功能亢进。经过治疗，大多数婴儿的运动和智能发育正常。

青少年甲状腺功能低下，或获得性甲状腺功能低下，常由自身免疫性甲状腺炎（桥本甲状腺炎）引起。某些症状和体征与成人相同，包括体重增加，便秘，头发干枯，粗糙，皮肤黄，冷或有斑点粗糙。与儿童期甲状腺功能低下不同的症状有生长迟缓，骨骼发育延迟，并且常有青春期发育延迟。