从病人的身体切除部分或全部的病变组织，用4%的中性甲醛溶液固定，石蜡包埋、切片、染色即可进行组织学检查。结合眼观检查所见做出病理判断，必要时可予以特殊化学染色、免疫组织化学、电镜和分子生物学基础完成病理学检查。从常规制片、染色、镜检到发出病理报告，一般需要两到三天的时间。

组织学检查是病理诊断最重要的部分，对多数病例是最后的诊断。病理报告一般由五个部分组成，即病人的基本信息，送检标本的肉眼观察所见，镜下所见，病理诊断和辅助五个部分。