直肠脱垂在临床上目前病因还不是很明确，一般考虑是和解剖因素以及腹内压力增高有关系。1.其中小儿的直肠脱垂多见于解剖因素有关，而老年人肌肉松弛、生育过多或是分娩时会阴撕裂也可以导致直肠发生脱垂。2.腹内压增高，尤其是老年人慢性疾病时，长期的便秘、腹泻、慢性的咳嗽、前列腺增生引起的排尿困难等，均可引起腹内压力增高，从而导致直肠脱垂。3.另外还有认为神经系统的病变，也有可能会造成一定的直肠脱垂的可能，最后其他方面的原因，比如外伤、手术引起的腰骶神经麻痹，致使肛管括约肌松弛，从而引起直肠粘膜的脱垂。