肛瘘是脓肿后时代，是一个疾病的两个阶段。病因有以下几个： 1.肛周脓肿。肛周脓肿自行溃破或切开引流后造成。 2.直肠肛门损伤。外伤、吞咽骨头、金属，肛门体温计，肛门镜检查等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起。 3.肛门裂反复感染。肛门裂反复感染可并发皮下瘘。 4.会阴部手术。内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。 5.克罗恩病伴发。克罗恩病伴发肛瘘者高达14%～76%。 6.直肠肛管癌。直肠肛管癌波及深部并发肛瘘。 7.血行感染。糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等病，因机体抵抗力降低，常由血行感染引起肛瘘。 8.其他。淋巴肉芽肿，放射菌病，尾骶骨髓炎，直肠、乙状结肠憩室炎等也可引起肛门直肠脓肿及瘘。