阴囊与大腿根部隐痛很可能是附睾炎、前列腺炎，也有可能是疝气的因素所引起，可能就会产生临床的症状，应该尽快通过口服药物或者利用手术的方式进行治疗。

1、附睾炎：附睾炎主要是受到了葡萄球菌感染，大肠杆菌感染以及链球菌等因素所引起，炎症长时间在体内残留，可能会导致阴囊以及大腿根部位产生隐隐疼痛，主要是受到了炎症刺激的因素所引起，附睾炎可以遵医嘱通过口服头孢类抗生素，或者氟喹诺酮类抗生素治疗。

2、前列腺炎：前列腺的部位受到了无菌性炎症的感染，不及时通过合适的方式治疗，可能会导致会阴部位疼痛，并且会影响到阴囊的健康状况，大腿根部位也会产生隐隐疼痛感，主要是炎症刺激到了周围的组织。应尽快到医疗机构，通过做前列腺液和前列腺超声检查，遵医嘱口服前列康片和前列舒乐等药物。

3、疝气：阴囊与大腿根部隐痛，也有可能是腹股沟疝气的因素所引起，会导致局部的压力明显的增加，引起阴囊以及大腿根部位疼痛，疝气有可能还需要通过手术的方式治疗。