蓝白斑筛选时三种情况的原因为X~gal涂得过少或IPTG加得不足；显色的时间可能不够，延长时间或放入低温冰箱可加强显色；连接产物里面空载的载体本来就极少，这可能是主要原因。

蓝白斑筛选是重组子筛选的一种方法，是根据载体的遗传特征筛选重组子，如α-互补、抗生素基因等。一般在通过人工接入外部基因后，突变了的大肠杆菌的β半乳糖苷酶基因会被插入的外源基因切断，导致不能转化成完整的β半乳糖苷酶，所以无法对X~gal进行再次切割，所以菌落显现为白色。