手指甲里不脏但有臭味的原因可能是因为细菌感染、接触到污染物、甲沟炎所致。

1、细菌感染：指甲在受伤后没有及时处理好导致伤口出现发炎、红肿、化脓等情况时就会容易出现臭味，应当及时用碘伏处理伤口，严重者建议去医院在医生的指导下进行抗生素治疗，如头孢、罗红霉素等。

2、接触到污染源：当手指接触到污染物，比如臭掉的东西、有刺激性气味的东西时，因为没有及时清理干净残留在指甲缝中，所以会散发出臭味，需及时清水和肥皂冲洗，干净后异味即可消失。

3、甲沟炎：在剪指甲时把指甲剪的过短，很容易形成甲沟炎。当甲沟被甲面不停地挤压时，易破坏手指周围的皮肤，当细菌侵入后便会出现红肿、化脓的情况，需及时修改指甲形状，并针对炎症给予抗炎、杀菌治疗，比如可遵医嘱外用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等。

除以上因素外，还可能与不注意个人卫生、细菌感染等问题有关，可结合实际病情，及时前往医院就诊，给予相应治疗。