两只眼球不对称,通常是以下几种原因造成的:第一、是由于斜视导致的,两只眼睛视线方向不平行,从而导致双眼位置不对称,一只眼睛平视正前方目标时,另一只眼睛会向内、向外或者向上下方偏斜,需要通过斜视矫正手术治疗。第二、由于单眼先天性小眼球或者先天性小角膜造成的,导致两只眼睛大小不对称。由于遗传或者胚胎发育期间被病毒感染影响造成的。第三、由于单眼先天性青光眼导致的,先天性青光眼患者眼压升高会导致眼球膨胀,使眼球外观变大,从而双眼不对称。第四、是由于虹膜异色症造成的,通常是基因异常导致的,使双眼颜色不对称。