运动障碍疾病的发病机制并不是特别清楚。

目前认为是由于基底节区功能紊乱引起来的。基底节区的功能主要涉及到传入结构，是指壳核，还有传出结构，指丘脑的外侧部，丘脑的内侧部，黑质网状布，这两个结构之间功能出现了紊乱。这两个结构之间有两个通路，一个叫直接通路，一个叫间接通路，这两条通路是始发地和团的壳核，直接通过的话是通过一个单突触投射到苍白球的内侧部，以及黑质的复合体的运动部分。

间接通路是壳核经过丘脑的苍白球的外侧部到丘脑地核和丘脑的内侧部以及苍白球的内侧部，以及黑质的复合体通路。

直接和间接通路的神经传导受到了多巴胺黑质纹状体投射纤维的控制，多巴胺对于直接通路，具有兴奋的作用，同时可以抑制人间接通过到活动。