阴茎根部疼痛的原因有很多。首先应该检查一下是否有尿道炎或前列腺炎，是否有阴茎本身局部皮肤的毛囊炎或者是生殖器疱疹等疾病，都有可能会出现阴茎根部疼痛。

常见的尿道炎或者是前列腺炎有可能为细菌感染，或者是淋球菌、支原体、衣原体或滴虫感染等，需要积极检查，确诊有感染，则应及时选择抗菌药物进行治疗。

如果是皮肤的疾患，应该积极地清理局部的分泌物、皮肤常规消毒、外用抗生素软膏或者抗病毒药物进行治疗，并且多饮水，注意卫生，有助于根部疼痛的恢复。