阴茎表皮溃疡通常可以使用外用药物治疗，具体药物的选择需要根据溃疡产生的原因以及溃疡当前的临床症状两方面来确定。

一般溃疡产生的原因包括有外伤源性的溃疡和感染性因素引起的溃疡。其中感染性因素有包括有细菌感染、真菌感染，部分患者还可以因为阴茎部位生殖器疱疹病毒感染所致的水泡破溃而遗留浅表溃疡。明确溃疡产生的原因后，需要针对其病因选择合适的外用药物种类。外伤性和细菌感染性的，可以使用抗生素类外用药。真菌感染导致的，需要使用抗真菌外用药。生殖器疱疹病毒感染，水疱破溃后遗留的溃疡，需要在使用抗真菌外用药的基础上，联合抗生素类外用药，预防继发细菌感染。

明确使用药物的种类后，还需要根据溃疡的当前状态，选择合适的药物剂型。在溃疡表面渗出不多的情况下，乳膏和软膏类的剂型都是可以使用的。而如果溃疡表面有大量的分泌物附着，并且有明显的渗出倾向时，则推荐先使用溶液类的外用药物湿敷，使溃疡面趋于干燥，渗出减少后，再使用温和的乳膏或者是软膏类。需要提醒患者注意的是，由于阴茎局部皮肤薄嫩，不宜使用含有酒精成分的酊剂来治疗。