卵巢囊肿的治疗方式取决于患者的年龄，是否恶性，以及囊肿的部位体积、大小、生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而决定。

超过5cm的囊肿或者有囊实性的肿物，以手术治疗为主。良性卵巢囊肿的手术治疗，行卵巢囊肿剥除术，年轻患者，尤其是绝经前患者多采用此种手术。输卵管卵巢切除术适用于年龄较大的，超过45岁以上的或者绝经后的患者。

对于恶性卵巢囊肿的手术治疗，多采用“卷地毯”式，将子宫与肿瘤连同盆腔、腹膜整块切除。也考虑在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射化疗药物等使用。卵巢囊肿术后粘连也会导致不孕。所以术前应权衡对其生育的影响。