肾结石的形成原因非常复杂，包括四个层面的因素，外界环境、个体因素、泌尿系统因素以及尿液的成石因素。

外界环境包括自然环境和社会环境。流行病学中提到的气候和地理位置，属于自然环境因素，而社会经济水平、饮食、文化、职业，属于社会因素范畴。个体因素包括种族、遗传疾病、代谢疾病、肥胖、饮食习惯和服用药物等。泌尿系统因素包括损伤、泌尿系统梗阻、感染、异物等。

上述因素最终导致尿液中的钙、草酸、磷酸、尿酸、胱氨酸、尿氨、碳酸盐等成分过饱和，抑制因素的降低，滞留因素和促进因素的增加等机制，造成晶体吸收聚集生产，最终导致肾结石的形成。