HPV的病毒亚型有200多种，分为高危亚型和低危亚型，其中皮肤的低危亚型，包括HPV-1、2、3、4、7 、10 、12 、15，多与寻常疣、扁平疣、跖疣等相关；高危亚型见于HPV-5、8、14、17、20、36、38与疣状表皮发育不良有关，还可能导致外阴癌、阴茎癌、肛门癌、前列腺癌、膀胱癌；

黏膜的低危型包括HPV-6、11、13、32、34、40、42、43、44、53、54等，主要感染生殖器、肛门、口咽部、食道黏膜。典型的有尖锐湿疣；黏膜的高危型有HPV-16、18、30、31、33、35、39等，与宫颈癌、直肠癌、口腔癌、扁桃体癌等有关。