巧克力囊肿作为子宫内膜异位症的一些表现，如果合并有其他部位的子宫内膜异位症，尤其是盆腔内的子宫内膜异位结节，可出现比较严重的痛经症状。进行实验室检查时，可发现肿瘤标志物315的明显升高，如果出现巧克力囊肿的扭转破裂等情况，可表现出较为严重的腹部疼痛。

巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，至此宫内膜在卵巢表面生长所形成的囊肿，大多数巧克力囊肿没有任何的临床症状，只是在B超检查时发现附近区有囊性包块，有经验的医生通过巧克力囊肿特有的超声表现判断为巧克力囊肿。