可以有多种病原菌引起有细菌、衣原体、立克次体、真菌引起感染性心内膜炎。根据发病的急缓程度、致病病原体略有不同。急性感染性心内膜炎主要由金黄色葡萄球菌引起，其次还有肺炎球菌A族链球菌、流感杆菌、淋球菌。亚急性感染性心内膜炎主要由草绿色链球菌引起，少见的有D族链球菌、表皮葡萄球菌。口腔是一个链球菌聚积比较多的地方，在进行口腔手术之前，例如拔牙、植牙的时候容易引起菌血症而诱发这个感染性心内膜炎。