慢性肾小球肾炎的病变部位主要集中在肾小球。肾小球又分毛细血管内皮又分基底膜，还分上皮层，虽然这些部位不同的影响，最后的结局也不一样，但是笼统来说，它都是集中在肾小球，不过随着疾病的进展和发展，肾小球肾炎病人随着时间的推移，随着病情的进展，随着肾功能的下降，往往肾小管、肾间质的病变也会越来越严重，而且到最后肾小管、肾间质病变往往起到预后的决定性作用。