克林霉素磷酸酯的副作用，主要是长期静滴可以引起静脉炎，有的病人会出现胃肠道的反应，出现恶心、呕吐、腹痛以及腹泻的情况，并且少数患者在应用此类药物以后，还会出现药物性的皮疹。

如果出现这种情况，一定要及时停药，并且极少数的患者可以发生假膜性的结肠炎，引起腹痛腹泻的情况。

对于肝肾功能损害的患者，不建议应用克林霉素磷酸酯，容易加重肝肾功能损害的情况。

并且小于四岁的儿童、妊娠以及哺乳期的妇女也应谨慎的使用，最好在医师的指导下应用。