腰椎穿刺是检查中枢神经系统疾病的一种检查手段，如常用的中枢神经系统炎性疾病、血管性疾病、脊髓的疾病、颅内占位疾病，以及对于诊断不明的神经系统疾病，还有血管造影等。通过脑脊液的检查以及培养，可以通过检查的结果进行疾病的诊断。

腰椎穿刺在临床上应用比较广泛。通过脑脊液的检验可以测脑压，了解颅内压的高低，进行脑脊液动力学的检查，以及脊髓或气脑造影。通过释放脑脊液可以降低颅内压的压力。对于多种疾病的治疗有辅助的治疗作用。在临床上治疗蛛网膜下腔出血，可以通过放出脑脊液减轻颅内的压力，降低脑积水的发生，同时避免蛛网膜的黏连。