鼻咽癌的病因并不是十分明确，目前认为鼻咽癌是一种多基因遗传病，它往往涉及多个基因或基因与环境之间的相互作用。目前较为肯定的致病因素有下面三个方面：第一，EB病毒的感染，大多鼻咽癌患者有EB病毒抗体效价的升高。其EB病毒的效价水平与病变的好转或恶化呈很大的正相关关系。第二，化学致癌因。鼻咽癌发病的特点是地区聚集性，同一地理环境和相似的生活饮食习惯中某些化学因素有致癌的可能性。日常生活中吃的咸鱼、腌菜和腌肉中的亚硝酸盐烹饪中析出的亚硝胺及其化合物，还有金属镍的过多摄入而硒的较少摄入，都是导致鼻咽癌的因素。第三，遗传因素，鼻咽癌发病有明显的人种差异，在世界四大人种中，蒙古人较为高发是一种典型例子。虽是同属蒙古人种，但已世代居住于北极的因纽特人鼻咽癌发病率仍然很高。