卵巢巧克力囊肿可采用药物或手术治疗，手术分为保守性手术或根治性手术。迄今为止，除根治性手术外，尚无一种理想的根治方法，无论是药物治疗，抑或保守性乎术，均有相当高的复发率。无症状的轻微病变选用期待治疗，有生育要求的轻度患者，明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术，年轻但无生育要求的重症患者可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗。症状及病变均严重的无生育要求患者，可行根治性手术。