免疫系统疾病是指免疫调节失去平衡影响机体的免疫应答而引起的疾病。它包括自身免疫性疾病，自身免疫性疾病是免疫系统对自身机体的成分发生免疫反应造成损害而引发疾病，本来正常情况下免疫系统只对侵入机体的外来物，如细菌、病毒、寄生虫以及移植物产生反应，消灭或者排斥这些异物。

在某些因素的影响下，机体的组织成分或者免疫系统本身出现了某些异常，致使免疫系统误将自身成分当成外来物来攻击，这时候免疫系统会产生针对机体自身一些成分的抗体及活性的淋巴细胞，损害破坏自身组织脏器导致疾病。

免疫系统一旦发生，除了中西药治疗之外，保持心态的平衡和安宁，也是康复的重要因素和环节，越是紧张焦虑，病不仅难以治愈，甚至会使病加重，主要常见的包括关节炎、肾炎、红斑狼疮等这些疾病都属于免疫系统疾病的范畴。