消化不良可以分为器质性消化不良和功能性消化不良。器质性消化不良，经过有关检查是显示相关病因的。比如消化性溃疡、糜烂性胃炎、食管炎及恶性肿瘤等，也包括全身性系统疾病引起的消化功能异常。比如糖尿病性消化不良、进行性系统性硬皮病等。功能性消化不良，则是指具有上述相同的临床表现，但没有器质性病变，也就是临床上并没有发现有结构、形态和生活上的异常，很多疾病都可以导致消化不良症状的发生。一般功能性消化不良，可以简单的分为两大类，一类是由于胃肠道动力减低，使胃内容物排空减慢所致的消化不良，称为机械性消化不良。另一类则是由于各种消化腺分泌的消化酶不足，或肝脏分泌的胆汁不足，而引起的消化不良，称为化学性消化不良。