当首次感染含结核杆菌的微滴后，是否感染取决于结核杆菌的毒力，和肺泡的巨噬细胞的吞噬能力。

如结核杆菌能够存活下来并在肺泡巨噬细胞内外生长繁殖，这部分肺组织出现炎性病变、原发病灶。原发病灶里的结核杆菌沿着引流淋巴管，到达肺门淋巴结引起淋巴结肿大，原发病灶和肿大淋巴结合称为原发综合症或者是原发性结核。

通常人体细胞免疫系统对结核杆菌产生特异性免疫，原发病灶肺门淋巴结核和播散到全身的结核杆菌停止繁殖，并大部分被消灭，但仍有少量的结核杆菌没有被消灭，长期处于休眠期成为潜在病灶。