滥用抗生素的第一危害是带来细菌耐药性问题，如果任由不断地发展，可能导致细菌对所有的抗生素耐药，人类有可能进入后抗生素时代，医生面对耐药的细菌将无药可用，第二主要的危害是有可能导致抗生素的不良副反应的发生，第三问题是增加医疗费用。