病毒性脑炎可能会遗留各种不同的后遗症。

病毒性脑炎不同于病毒性脑膜炎，它是由脑实质受累的，脑实质受累时会产生一系列神经系统功能缺失的症状，包括局灶性的偏瘫、言语功能障碍、记忆力障碍、或癫痫发作等。

如果脑炎损害程度较重，导致细胞发生不可逆性损伤，则脑炎即使经过治愈后，也会遗留不同程度的后遗症，最常见的就是记忆力障碍和癫痫发作，少数患者也会出现精神上的异常，表现为器质性精神障碍、焦虑、抑郁状态或者合并睡眠障碍等，严重的患者也可以出现肢体瘫痪、活动不灵或言语不清、失语等。