目前认为，重症肌无力的发病机制是在胸腺，胸腺病毒感染，或者是胸腺的理化性质发生了改变，导致胸腺细胞发生了新的变化。胸腺是一个免疫器官，一旦内环境有所改变，就有免疫细胞来进行识别，并启动免疫机制来消灭，破坏这些新出现的异己细胞，这样就产生了一个抗体，叫乙酰胆碱受体抗体。

很不幸的是，这个抗体，对于肌肉接头处突触后膜上的乙酰胆碱受体，发生了攻击，破坏了突触后膜上的乙酰胆碱受体，使它消失减少，这样就产生了肌肉收缩的无力，就引发了重症肌无力。