萎缩性胃炎的症状大多数有上腹痛或者是不适感，上腹部疼痛多数无规律，与饮食无关。疼痛一般为弥漫性的上腹部灼痛、隐痛、胀痛等。

部分患者还会感到腹胀，尤其是餐后有明显的饱胀感，常常因为胃内容物排空延迟、食物阻流、消化不良早饱。患者还会有嗳气、反酸、恶心的情况，有嗳气表明胃内气体增多，经食管排出，使上腹饱胀暂时缓解。反酸主要是由于胃酸分泌增多所致。患者还有一些消瘦，舌炎、腹泻、进食困难，部分患者如果有轻度的糜烂，会出现大便隐血阳性。